La Resolución No. 2008007209 de 2008 reorganiza la estructura interna del INVIMA, creando y definiendo grupos de trabajo en distintas áreas como gestión administrativa, registros sanitarios, laboratorios, farmacovigilancia y control territorial. Esta medida busca optimizar la eficiencia y el cumplimiento de los objetivos institucionales, manteniendo la naturaleza de los cargos y estableciendo coordinadores responsables para cada grupo.